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科技创新联合专项项目重点扶持玉溪高新区科技创新和高新技术产业发展，支持科学研发投入、关键技术开发攻关、科技成果转化、科技创新平台建设、高层次人才引进、高新技术企业培育和创新环境建设等科技创新活动。
科技创新联合专项资金由云南省科技厅、玉溪市政府、玉溪高新区管委会按比例出资设立，资金设立期为5年，年度经费额度2500万元，累计1.25亿元。资金支持对象为企业、新型研发机构、高校、科研院所等单位和社团组织。
为进一步规范和加强科技创新联合专项管理，玉溪市根据云南省科技计划项目和资金管理相关原则，制定了《玉溪高新区科技创新联合专项项目管理办法》和《玉溪高新区科技创新联合专项资金管理办法》。《玉溪高新区科技创新联合专项项目管理办法》明确了科技创新联合专项项目涉及范围，科技、财政、高新区职责分工，项目申报及立项程序，项目实施与管理，项目验收与绩效评估，项目监督管理等方面的管理办法；《玉溪高新区科技创新联合专项资金管理办法》明确了科技创新联合专项资金设立、支持对象及支持方式，科技、财政、高新区职责分工，支出范围和使用管理，预算编制和执行调剂，绩效与监督管理等方面的管理办法。
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